Tirpdamas ledynas prieš 14000–12000 metų nenoriai traukėsi. Keletą kartų jis buvo sustojęs palikdamas nedideles pakraštinės morenos kalveles. Viena tokia kalvelė yra dabartinės Rusnės salos vieta. Upė sutikusi kalvelę pasidalino į Skirvytės, Pakalnės ir Atmatos atšakas. Po to dar buvo apsėmusi Litorinos jūra, kuri kalvelę apskalavo ir apnešė smėliu. Kai, prieš 6000 metų, jūra pasitraukė prasidėjo potvyniai, ant smėlio pagrindo pradėjo nusėsti dumblas. Taip pamažu formavosi derlingi salpiniai dirvožemiai.

Salos su salelėmis plotas virš 4000 ha, tame tarpe žemės ūkio naudmenų 3121ha.

Salos reljefas žemėjanti su mikro pakilimais ir įdubimais lyguma. Aukščiausioje vietoje žemės paviršius 1,4 metro, žemiausioje ties Dumblės upe nusileidžia iki 0,2 metro žemiau jūros lygio.

Salos plotas didėja. Ties Skirvytės žiotimis upė smėliu užneša Kuršių marių pakrantę. Krantas per metus pasistumia iki 30 metrų.